在中国近代历史上,蔡陈是两个完全不同的人,蔡的年龄大于陈,而社会地位与影响至少是在中共创建前也高于陈.蔡是老同盟会会员,信奉中山先生的三民主义,在中华民国临时政府成立时,曾任教育总长.他学识渊博,为人老实持重,性情温和,与各种人都能打交道;而陈自小就很是反叛,学问当然也不错,但性情暴烈,很是冲动,往往不计后果,后信仰共产主义。不过他们两人虽信仰与性格不同,但彼此还是相互欣赏,结为朋友。

    蔡元培任北大校长后,推行的“思想自由,兼容并包”之方计,这决定了他要引进各方面优秀的一流人才.而陈独秀因为在上海创办《新青年》（原《青年杂志》）,加之其在古文字的研究方面卓有成效,故蔡自然是想将他网于自己麾下。

    那么,蔡是何时正式宣布让陈到北大呢?据记载,是1917年1月13日.那一天北大校园里一群人在围看蔡当校长后贴出的第三张告示:"本校文科学长夏锡祺已辞职,兹奉部令派陈独秀为本校文科学长".在此,有必要说一下这个职位,以往我们的一些教科书总是说陈独秀在北大是当文学院的院长,这完全是错误的说法。文科学长,类似于后来的系主任,甚至也有点如同教务长的意味。

   蔡校长的告示贴出后,整个北大校园沸沸扬扬,支持者有,反对者亦不少.在反对者中最为突出的就是章太炎的弟子、曾在武昌文化中学与董必武、宋教仁等名人同学过的湖北人黄侃。

    黄为什么反对陈独秀？这又涉及到一个陈年老账：当年他们同在日本留学时，一天陈在《民报》会馆里大谈，说：“湖北无人”。陈的高谈阔论，恰巧让躲在里屋的黄北人黄侃听到，黄当即高叫：“安徽有人，未必就是足下”（陈独秀是安徽人）。自此，黄陈算是结下了梁子。但不管黄侃等人如何反对，陈还是到了北大。1917年1月22日，旧历除夕，陈在上海度过，然后携高君曼（他原来的小姨子，后来的妻子）及女儿子美、儿子喜子到了北京，住在孟公府箭杆胡同9号。《新青年》编辑部随之也搬到了北京。

   应当说，陈独秀到了北京后，以北大为陈地，以《新青年》为载体，吸引了大批优秀而激进的知识分子，为中国近代的思想启蒙运动的兴起与发展，发挥了重要的作用。他主办的《新青年》的影响也越来越大，包括刘半农、钱玄同、后来回国到北大任教的胡适、及周树人周作人兄弟等都成为他的朋友。陈的激进，同样也引起了一些保守派的不满和反对，以著名翻译家林琴南为代表的一些人，就极力攻击陈独秀，甚至也涉及到了校长蔡元培先生。在1919年初，就发生了很有影响的林蔡之争，林琴南与蔡元培各自都发表了一些言论。

     正是在那样的时候，北京传起了一陈流言，说北大文科学长陈独秀逛八大胡同。稍有常识的人都明白，北京的八大胡同，就是妓院的代名词。一位堂堂的大学教授，一位极有影响力的人物，竟然去嫖妓，这消息不亚一枚重磅炸弹，连蔡元培闻知也大惊失色。

    嫖妓，这与蔡的思想理念、与他做人的准则背道而驰，是他老先生不能容忍的。早在1918年1月19日，蔡元培为了消除北大的腐败，发起成立了北大进德会。规定：甲种会员：不嫖，不赌，不娶妾；乙种会员，于前三戒外，加不作官吏、不作议员二条；丙种会员，于前五条外，又加不吸烟、不饮酒、不食肉三条。当时，陈独秀也参加了进德会，所以他必须按那上面的几条规矩来规范自己的行为。那么，陈到底去没去八大胡同？或者说他即使去了那儿，嫖没嫖妓？这是无头公案，现在似乎也没人说清楚。不过依据他的个性，他去过那里，做过那样的事，也不为出奇。

   这件事情发生后，校长蔡元培面临着巨大压力，反对派趁机起来要求开除陈独秀，而蔡也不能坐视不理。许多蔡的朋友、北大教授，如沈尹默、马夷初、汤尔和等奔走往来，欲为蔡校长分忧。

    1919年3月26日夜，蔡元培及沈尹默、马夷初到汤尔和家中密谈，商讨要辞去陈独秀文科学长一职的事。当时，蔡左右为难，难下决心。按进德会的标准，他当然必须处理陈独秀，可假若那样做了，岂不等于在林琴南等反对者面前败下阵来？更何况陈是他蔡元培力排众议引进过来的，撤了他的职，他一时难以下手。蔡是好好先生，有点犹豫。可汤尔和、沈尹默与马叙伦（马夷初）却对他晓以厉害，说若不撤了陈独秀的职务，那北洋政府也不会放过北大云云。在他们几位的劝说下，蔡元培最终下了决心，要去掉陈的文科学长一职。但蔡又考虑到要顾及陈的面子，就以取消学长制，文理科由教授会领导为名，体面地撤去了陈独秀文科学长的职务。这样，既给陈一个台阶，也没有给反对派留下口实，从而平息了一场风波。

    蔡元培撤了陈独秀的文科学长一职后，又开始了中国大学史上的一项重大改革，实行了教务长制度。1919年4月8日，蔡校长主持召开了文理两科各教授会主任及政治经济部门主任会议，秦景阳、俞星枢、沈尹默、陈启修、陈大齐、贺之才、何育杰、胡适、马寅初等出席。陈独秀没有参加，但当时他仍在北京。这次会议主要是选举北大首任教务长。开会时，胡适先提出自己不当选，并提俞星枢为教务长。投票时秦景阳弃权，因为他已接到教育部的调令去部里任司长。结果俞星枢与马寅初各得三票，蔡元培当时尚未投票，他见那两人旗鼓相当，就将自己的一票投给了马寅初。这样马就以四票当选为北大第一任教务长。从此，中国各大学不再设学长，而设教务长。

    而被撤职后的陈独秀，他还在坚守着自己的阵地，更加努力地办报办刊，思想更为激进，发表的大量文章不但令原来的反对者不满，而且他原来的同事朋友，也感到他的“左倾”了。如1919年4月20日，陈独秀以“只眼”为笔名，在《每周评论》第18号上发表的《随感录·二十世纪俄罗斯的革命》中说：“英美两国有承认俄罗斯布尔札维克政府的消息，这事如果实行，世界大势必有大大的变动。十八世纪法兰西的政治革命，二十世纪俄罗斯的社会革命，当时的人都对着他们极口痛骂，但是后来的历史家，都要把他们当做人类社会变动和进化的大关键。”据说，胡适看到此文后，竟大吃一惊地说：“仲甫越来越左倾了。”

    综上所述，陈独秀之所以被撤掉北大文科学长一职，既有他本人“私德不修”的原因，或者说那是一个引子，是一个导火线，更主要的是他的思想与当时保守者有着太大的距离。而好好先生蔡元培为了平衡各方面势力，为了保住北大，他不得不违心地下令撤了陈的职，但同时又很是技巧地运作了一下，让陈不太难堪。